Les Personnages
Par rapport à la version originale de Final Fantasy III sur Famicom, la version DS dispose d'une équipe de héros à la psychologie étudiée. Ils portent des noms, ont leur propre histoire et ne sont pas tous présents dans l'équipe dès le début, contrairement au jeu original dans lequel le joueur contrôle directement quatre héros qu'il a nommé lui-même au préalable.
Luneth
Luneth est le héros de Final Fantasy III. Cet orphelin a été élevé dans le petit village d'Ur par le prêtre Topapa. D'un naturel optimiste et curieux, il est un jour surpris par un trou dans le sol, non loin de son village, et tombe dans une grotte secrète au fond de laquelle il découvre un Cristal de la Lumière. Ainsi débute son aventure.
Arc
Tout comme son ami d'enfance Luneth, Arc est un orphelin élevé par Topapa dans le village retiré d'Ur. Mais contrairement à lui, il est d'un naturel timide et préfère passer ses journées à lire des livres plutôt qu'à rencontrer d'autres jeunes gens. Mais la plupart de ces derniers se moquent de lui. Il décide finalement d'accompagner Luneth dans son voyage à travers le monde.
Refia
Fille du forgeron Taca, Refia a grandi dans le village de Kazus. Son père la force à travailler avec lui, ce qui ne lui plaît pas du tout, à tel point qu'elle a pris pour habitude de s'enfuir. Alors que Kazus est affecté par la malédiction de Jinn, elle fait la rencontre de Luneth et d'Arc et décide de prendre part à leur aventure.
Ingus
Ce soldat au service du royaume de Sasoon a réussi à échapper à la malédiction de Jinn. Il rejoint le groupe formé par Luneth, Arc et Refia pour retrouver la princesse Sara, qui s'est rendue dans l'antre de Jinn pour tenter de le combattre. Il reste dans l'équipe une fois sa mission accomplie.